MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Listeria monocytogenes SLCC2372 plasmid pLM1-2cUG1

Total Repeats: 166

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018889	A	7	7	17	23	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018889	AATT	2	8	1934	1941	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018889	ACC	2	6	2135	2140	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4	NC_018889	A	6	6	2917	2922	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_018889	TCC	2	6	4370	4375	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
6	NC_018889	GAA	2	6	5727	5732	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018889	TTA	2	6	5939	5944	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018889	ACA	2	6	5949	5954	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_018889	ATT	2	6	6003	6008	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018889	T	6	6	6017	6022	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018889	AG	4	8	6055	6062	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018889	A	7	7	6069	6075	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_018889	GAA	2	6	6102	6107	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_018889	AGAA	2	8	6122	6129	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_018889	ACC	2	6	7467	7472	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
16	NC_018889	ACC	2	6	7501	7506	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
17	NC_018889	ACC	2	6	7534	7539	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
18	NC_018889	GTAA	2	8	7540	7547	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_018889	ACC	2	6	7569	7574	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
20	NC_018889	ATT	2	6	7720	7725	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018889	T	6	6	7753	7758	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_018889	TTC	2	6	7786	7791	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_018889	AGG	2	6	10264	10269	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018889	GAG	2	6	11061	11066	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018889	T	7	7	11067	11073	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018889	AAT	2	6	11078	11083	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018889	T	8	8	11117	11124	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018889	G	7	7	11709	11715	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018889	CTCC	2	8	12063	12070	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
30	NC_018889	TTTA	2	8	12071	12078	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018889	AAAAG	2	10	12106	12115	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018889	A	6	6	12133	12138	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018889	TAT	2	6	12177	12182	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018889	AT	3	6	12257	12262	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_018889	GATCG	2	10	12265	12274	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_018889	CTT	2	6	12279	12284	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_018889	TTAG	2	8	12292	12299	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018889	CAAG	2	8	12364	12371	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
39	NC_018889	TGG	2	6	12391	12396	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018889	AAG	3	9	12603	12611	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_018889	AAG	2	6	12617	12622	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_018889	CTC	2	6	15391	15396	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
43	NC_018889	GTA	2	6	15752	15757	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_018889	AAT	2	6	15770	15775	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_018889	T	6	6	15782	15787	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018889	CT	3	6	15820	15825	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
47	NC_018889	T	6	6	15829	15834	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_018889	T	6	6	15857	15862	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_018889	A	6	6	15884	15889	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_018889	TAAAA	2	10	15907	15916	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_018889	AG	3	6	15998	16003	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
52	NC_018889	TAA	2	6	16092	16097	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_018889	ATA	2	6	16139	16144	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_018889	A	6	6	16162	16167	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_018889	ATG	2	6	16178	16183	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_018889	TTG	2	6	16211	16216	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_018889	TAA	2	6	16248	16253	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_018889	CAA	2	6	19312	19317	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_018889	ATT	2	6	19345	19350	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_018889	T	6	6	19358	19363	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_018889	T	7	7	19374	19380	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_018889	TAGAA	2	10	19404	19413	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_018889	T	6	6	19509	19514	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_018889	TAA	2	6	19557	19562	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_018889	ATTT	2	8	20149	20156	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_018889	GATA	2	8	20188	20195	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_018889	A	6	6	20254	20259	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_018889	AT	3	6	20261	20266	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_018889	A	6	6	20312	20317	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_018889	TA	3	6	20327	20332	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_018889	TTA	2	6	20366	20371	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_018889	AGG	2	6	20394	20399	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_018889	CCT	2	6	27166	27171	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
74	NC_018889	TCA	2	6	27201	27206	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_018889	A	6	6	27230	27235	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_018889	T	6	6	29955	29960	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_018889	ATT	2	6	29963	29968	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_018889	GTTG	2	8	30129	30136	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
79	NC_018889	TC	3	6	30138	30143	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
80	NC_018889	ATCG	2	8	30237	30244	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
81	NC_018889	GGTTGT	2	12	30273	30284	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
82	NC_018889	GAT	2	6	30371	30376	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_018889	TGC	2	6	30406	30411	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_018889	ATA	2	6	30445	30450	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_018889	TA	3	6	30754	30759	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_018889	ATGTAA	2	12	31057	31068	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_018889	ACATAT	2	12	31093	31104	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_018889	TAAT	2	8	31115	31122	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_018889	AT	3	6	31121	31126	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_018889	AGG	2	6	31133	31138	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_018889	AGA	2	6	32539	32544	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_018889	T	7	7	33204	33210	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_018889	AAT	2	6	33217	33222	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_018889	GTT	2	6	33257	33262	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_018889	ATG	2	6	33264	33269	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_018889	AGG	2	6	33307	33312	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_018889	TGA	2	6	34708	34713	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_018889	GA	3	6	35506	35511	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
99	NC_018889	CT	3	6	36692	36697	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
100	NC_018889	ATATT	2	10	36739	36748	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_018889	GTG	2	6	36840	36845	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_018889	ATA	2	6	36890	36895	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_018889	TTA	2	6	36896	36901	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_018889	TAA	2	6	36974	36979	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_018889	TTCT	2	8	36994	37001	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_018889	AAG	2	6	37041	37046	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_018889	AT	4	8	37049	37056	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_018889	TA	4	8	37060	37067	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_018889	TA	3	6	37133	37138	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_018889	AGG	2	6	37167	37172	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_018889	TAA	2	6	39832	39837	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_018889	T	7	7	39873	39879	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_018889	CGA	2	6	39884	39889	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_018889	GTA	2	6	40608	40613	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_018889	CGG	2	6	40741	40746	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_018889	AGTCA	2	10	40755	40764	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
117	NC_018889	AGC	2	6	40801	40806	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_018889	TAAA	2	8	40820	40827	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_018889	CTA	2	6	40848	40853	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_018889	TAT	2	6	40866	40871	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_018889	GCT	2	6	41232	41237	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_018889	T	7	7	41344	41350	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_018889	ATAA	2	8	41379	41386	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_018889	CTT	2	6	41484	41489	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_018889	T	6	6	41524	41529	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_018889	CAC	2	6	41549	41554	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
127	NC_018889	TTAAA	2	10	41574	41583	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_018889	ATT	2	6	41709	41714	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_018889	ATAA	2	8	43969	43976	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_018889	TA	3	6	43980	43985	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_018889	T	6	6	44027	44032	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_018889	AAG	2	6	44115	44120	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
133	NC_018889	A	8	8	44164	44171	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_018889	GTT	2	6	44176	44181	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
135	NC_018889	T	6	6	45575	45580	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_018889	TTTC	2	8	45617	45624	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_018889	T	6	6	45625	45630	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_018889	A	7	7	45639	45645	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_018889	AAAT	2	8	45669	45676	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_018889	TA	3	6	45690	45695	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_018889	TGA	2	6	45707	45712	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
142	NC_018889	TGAA	2	8	45715	45722	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
143	NC_018889	TAT	2	6	46491	46496	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_018889	CTGA	2	8	46500	46507	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
145	NC_018889	T	6	6	46530	46535	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_018889	TAA	2	6	46549	46554	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_018889	ATT	2	6	46572	46577	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_018889	TA	3	6	46595	46600	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_018889	GTTT	2	8	46621	46628	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
150	NC_018889	TTG	2	6	46662	46667	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
151	NC_018889	GAG	2	6	46668	46673	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
152	NC_018889	A	6	6	49697	49702	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_018889	TA	3	6	49720	49725	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_018889	ATT	2	6	49727	49732	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_018889	GTA	2	6	49734	49739	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
156	NC_018889	AATT	2	8	49763	49770	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_018889	AT	3	6	49811	49816	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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159	NC_018889	AT	3	6	49843	49848	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_018889	TA	4	8	49882	49889	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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166	NC_018889	A	6	6	50014	50019	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.